Fuenmayor tiene una arraigada tradición jacobea, como lo demuestran los peregrinos que aparecen en los medallones de algunos de sus viejos palacios como el de la calle Mayor Alta 20 o la advocación de una de sus ermitas a San Martín, uno de los santos más relacionados con el Camino de Santiago.
En los registros parroquiales de defunciones aparecen peregrinos fallecidos aquí en su camino a Santiago y también podemos hablar de vestigios históricos de esta vinculación.
La población hoy desaparecida de Villarrubea (Villarrubia) aparece nombrada como uno de los pueblos de las Ruta Jacobea en el Codex Calixtinus (el manuscrito iluminado, ahora tan de actualidad, data de mediados del siglo XII y constituye una especie de guía para los peregrinos que seguían el Camino de Santiago en su viaje a Santiago de Compostela, con consejos, descripciones de la ruta y de las obras de arte así como de las costumbres locales de las gentes que vivían a lo largo del Camino. Sirvió también para fijar el recorrido actual del camino de Santiago).
Se supone que se ubicaba entre Logroño y Navarrete dentro de los actuales límites del término municipal de Fuenmayor, muy posiblemente en donde actualmente hay un término denominado Villarrubia.
Algunos autores afirman que Villarrubea fue el nombre del primitivo Navarrete. No parece una hipótesis muy acertada, si bien es cierto que el desarrollo de esta villa en su emplazamiento actual a finales del siglo XII tuvo como consecuencia la pronta despoblación de Villarroya.
Existe documentación que aporta evidencias sobre la existencia de un hospital dependiente de la Orden del Santo Sepulcro en esta población. El 3 de enero de 1163, el papa Alejandro III puso bajo la protección de la Santa Sede al prior y hermanos de esta orden con todos sus bienes y posesiones entre los que se nombraba el hospitale de Villa Rubea cum ómnibus appenditis suis.
Este hospital dependía de la Iglesia de Santa María de Palacio de Logroño (nombrada como S. Marie de Gronio dentro del citado documento). En este templo se establecieron los canónigos del Santo Sepulcro en el siglo XII.
Pese a la fundación de Navarrete a finales del siglo XII (Navarrete es la unión de los ocho Corcuetos o aldeas que existían en los alrededores que se juntan en torno al castillo erigido por  Alfonso VIII que les concede Fuero en 1195) y la posterior atracción que ejerció sobre su entorno, la población de Villarrubea pervivió todavía unos años. Así, en el año 1215 Sancho, abad del monasterio de Irache, dio a censo (una especie de alquiler) a Pedro de la Dona y a Guillén de la Farina una pieza situada en el término de Fila Ruuia. Un año después, el mismo abad proveyó también a censo la sernam qui est surcam Fila Rubea.
La desaparecida población de Riba Roya qui est sita apud Nauarretem aún se documenta a principios del siglo XIV con motivo de una entrega de propiedades a los capitulares de la catedral de Calahorra en una relación de propiedades que pertenecían al Hospital de La Cadena de Nájera.
Fuenmayor tuvo mucha vinculación también con otro centro hospitalario jacobeo, el Hospital de San Juan de Acre de Navarrete, ya que era uno de los pueblos, junto con Entrena, Medrano y el Valle de Baztán (María Ramírez, la fundadora del hospital provenía de allí y tenía derechos feudales sobre sus habitantes) que pagaban con sus diezmos el mantenimiento del hospital (Navarrete no pagaba estos diezmos porque tenía un fuero que le eximía de ello), lo que les daba derecho a elegir al comendador que lo dirigía. El documento más antiguo que se conserva en el Archivo Municipal es precisamente un manuscrito fechado en 1378 que habla de los derechos y deberes de los vecinos de Fuenmayor y de otros pueblos en el Hospital de San Juan de Acre
El Hospital fundado en el siglo XII (exactamente en el año 1185) estuvo en funcionamiento hasta las desamortizaciones del siglo XIX y los edificios de la iglesia y el hospital se mantuvieron en pie aunque ya en estado ruinoso hasta finales de ese siglo. En 1887, cuando el prestigioso arquitecto riojano Luis Barrón redactó el proyecto del nuevo cementerio de Navarrete, se trasladó a esa nueva ubicación el pórtico y las ventanas que ahora sirven de entrada al camposanto. Seguramente se aprovecharían más materiales para la construcción, lo que contribuiría a su deterioro, aunque todavía podemos ver sus impresionantes ruinas, hoy consolidadas y restauradas, en la entrada del Camino de Santiago en Navarrete.
La Encomienda que fundó Doña María Ramírez (una rica heredera de la que hay indicios de que si no era natural de Fuenmayor, por lo menos residía o tenía aquí muchas posesiones) para el mantenimiento del hospital se mantuvo activa durante muchos siglos e incluso ya entrada la década de los años veinte del pasado siglo podemos encontrar en nuestro Archivo Municipal actuaciones judiciales referidas a reclamaciones de dinero de bienes de esta institución.
En la vinculación de Fuenmayor a este hospital podemos encontrar el origen del patronazgo de San Juan y de nuestra bandera, el “Pendón de San Juan” en el que destaca la cruz de Malta, la Orden que fue fundada como Orden Militar y Hospitalaria de San Juan de Jerusalén es esta ciudad en el siglo XI. Posteriormente cuando fue conquistada por Saladino el año 1187 se trasladaron a la ciudad de Acre.
La pérdida de Tierra Santa obligó a los cruzados a retirarse y la orden se instaló primero en la  isla de Rodas y finalmente en la de Malta. Actualmente es una orden honorífica muy prestigiosa, la Soberana Orden Militar y Hospitalaria de San Juan de Jerusalén, de Rodas y de Malta, a la que pertenece gran parte de la más alta nobleza europea.